Desarrollo de un panel de SNPs para la asignación de paternidad aplicado a los programas de mejora y conservación de razas ovinas de carne del noreste de España

Abstract

El objetivo de este trabajo fue el desarrollo de un panel de SNPs para la asignación de paternidad a partir de los datos de genotipado obtenidos con el chip “Ovine SNP50 Bead Array (50K)” en las razas Rasa Aragonesa, Navarra, Churra Tensina, Ansotana, Xisqueta, Roya Bilbilitana, Maellana, Ojinegra y Cartera. Se seleccionaron un total de 159 SNPs en equilibrio de Hardy-Weinberg, con una frecuencia del alelo menos común (MAF) superior a 0,3, un porcentaje de individuos genotipados por SNP superior al 97% en las 9 razas analizadas, y que presentasen herencia mendeliana. El MAF medio fue de 0,43, variando desde 0,41 (Churra Tensina) hasta 0,44 (Xisqueta y Navarra). La probabilidad de identidad (Pi) de que dos individuos elegidos al azar fueran idénticos para estos marcadores varió entre 8,81 × 10−67 (Cartera) y 2,29 × 10−64 (Roya Bilbilitana). La probabilidad de exclusión de un solo progenitor (PE1), o los dos progenitores (PE2) fue prácticamente 1 en todas las poblaciones. Finalmente, este panel fue testado en las razas Rasa Aragonesa, Navarra, Ansotana y Cartera mediante tecnología KASP usando un panel de 192 SNPs que incluyen los 159 SNPs para la asignación de paternidad y 33 SNPs funcionales (PrnP, BMP15, MTNR1A…)