Incompatibilidad polen-pistilo en ciruelo japonés: avances metodológicos para la identificación de los alelos S

Abstract

El ciruelo japonés (híbridos de Prunus salicina Lindl.) presenta un sistema de incompatibilidad gametofítico que impide la autofecundación y favorece la polinización cruzada. Este sistema está regulado por el locus multi-alélico S, formado por dos genes estrechamente ligados, uno expresado en el pistilo (S-RNasa) y otro en el polen (SFB). La identificación de los alelos S de incompatibilidad es fundamental para conocer las necesidades de polinización de cada variedad y la idoneidad de los parentales en programas de mejora. En las últimas décadas, los alelos S se han identificado por amplificación de PCR de intrones con cebadores degenerados diseñados en regiones conservadas en los exones de los genes S-RNasa y la posterior identificación por tamaño de bandas. Sin embargo, esta metodología no es lo suficientemente precisa para aquellos genes que se diferencian con poco polimorfismo de longitud. Para diferenciar los alelos de tamaño similar, se ha recurrido a la clonación de los genes SFB y S-RNasa seguida por secuenciación Sanger. Aprovechando el abaratamiento de los métodos de secuenciación masiva de nueva generación (NGS), hemos desarrollado una metodología bioinformática que nos ha permitido identificar de forma más precisa los alelos S que no se podían diferenciar con los métodos anteriores. En este trabajo se han identificado los alelos S en las variedades de ciruelo japonés 'Joana Red' y 'Ambra' tanto por tamaño de bandas como por clonación y/o NGS. Las tres técnicas se han revelado complementarias, permitiendo la determinación del genotipo S y su agrupación inequívoca en el correspondiente grupo de incompatibilidad.